生物醫藥產業上的應用：食用菌在深層培養過程中會產生多糖、生物堿、萜類化合物、甾醇、酶、核酸、維生素、具抗生素作用的多種化合物以及植物激素等多種生理活性物質，這些物質分別具有對心血管、肝臟、神經系統、腎等人體器官的防病治病作用以及抗癌、消炎、抗衰老、抗菌、提高免疫力等功效。
    目前，許多液體發酵的食用菌菌絲體可用于制藥，對于那些在人工栽培條件下不易形成子實體或者其菌絲體與子實體含相類似有效成分的覃菌，可以利用發酵產物代替子實體。現在，釀酒設備我國市場上供應的食用真菌藥物，如蜜環片、靈芝菌片、寧心寶膠囊等均已采用液體發酵菌絲體制造。
   在其他行業上應用：液體發酵形成的菌絲體以及含有多種代謝產物的發酵液，是上等的飼料，一般作為蛋白質原料加入到飼料中，具有易吸收、轉化效率高、經濟效益好等特點，將是動物飼料中蛋白質的重要來源。
    結論：隨著科學技術的發展，尤其是微生物學、蕈菌學、發酵工藝學和工程學的相互滲透和交叉，特別是發酵產物分離技術的發展，食用菌液體發酵技術在食品和醫藥等行業上的應用將更廣泛、前景更寬闊。
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