小曲一般是南方所特有，其制法大同小異：采用糯米或粳米為原料， 先浸泡蓼葉或蛇麻花，或絞取汁。取其汁拌米粉，揉面米團。
  據釀酒設備廠家了解，傳統的麥曲，完全采用天然接種微生物的方式。小曲的接種在宋代以前， 也不例外。但在<<；北山酒經>>；中則記載了一種人工接種的方式，即："團成餅子，以舊曲末逐個為衣"。也就是說把新制成的曲團在陳曲粉末上滾動一下， 陳曲末便粘在新曲團的表面，陳曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲團上迅速繁殖，形成生長優勢。由于可以人為地選擇質量較好的陳曲作為曲種，這就可以擇優汰劣。通過年復一年的人工選育，自然淘汰，質量優越的曲種（實際上是微生物菌種）就保留下來了。而天然接種的酒曲，酒曲中微生物的來源主要是水源，原料本身所帶入，或者制曲場所及用具。性能優良的菌種無法代代相傳，酒質也就無法恒定。
  明清時期，小曲中加入種類繁多的中草藥，成為這一時期的特點。明代<< 天工開物>>；中說："其入諸般君臣與草藥，少者數味，多者百味，則各土各法，亦不可殫述"。這種傳統做法一直延續至現代。周恒剛先生在1964 年搜集的四川邛崍的藥曲配方中，有一例，其配方中用藥達72味，合計50多公斤，可配1460公斤的原料（ <<；糖化曲>>；，1964年，中國財經出版社）。但小曲也有少加甚至不加藥的。如明代的東陽酒曲中只加辣蓼。寧波白藥也是如此。故明代以來，小曲向藥小曲和無藥小曲兩個方向發展。
  小曲中的微生物主要是根霉，據有關科技工作者分離鑒定，在分離到的828株毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不僅具有糖化作用，還具有酒化酶， 故具有酒化作用。小曲中還有許多其它微生物，現代工業微生物從中得到不少有益的菌種，繼續為人類做出貢獻。
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